Un groupe de mutants s'efforce de protéger un monde qui les hait et les craint.

Jeune lycéenne renfermée et taciturne, Lain Iwakura est confrontée au suicide inexpliqué de Chisa Yomoda, une camarade de classe. Peu de temps après, voilà que Lain reçoit un e-mail provenant de Chisa. Celle-ci lui annonce qu'elle est vivante dans le Wired, que seul son corps est mort et qu'elle a rencontré Dieu. Lain décide alors de se connecter au Wired, le net du futur... Elle va ainsi entendre parler des Knights, une bande de hackers étranges, et pénétrer dans un monde qui va engendrer de multiples questions, au détour d'événements et de rencontres glauques...

Rejetés par la société, les mutants sont contraints de vivre dans la clandestinité. L'un d'entre eux, le professeur Charles Xavier, crée un institut pour mutants leur permettant ainsi de vivre une vie normale tout en développant leurs pouvoirs. L'idéal du Professeur Xavier se heurte à l'opposition farouche de la population et à des groupes extrémistes non dotés du facteur X, mais également à d'autres super mutants qui méprisent le dialogue et la condition humaine. Le combat pour la protection de l'humanité commence... Adaptation en série animée des célèbres comic's Books "X-men" de 1963 créé par Stan Lee et Jack Kirby