Un groupe de mutants s'efforce de protéger un monde qui les hait et les craint.

Un groupe de mutants, aux pouvoirs les plus divers, s'allie dans le but de secourir les personnes qui, comme eux, ont subi des manipulations génétiques.

Wayne Szalinski vit dans le Colorado avec sa femme Diane, ses deux enfants, Amy et Nick, et son chien Quark. Grand scientifique, Wayne aime inventé des gadgets de toutes sortes. Il a notamment inventé une machine pour rétrécir les humains. Lorsqu'une situation le met lui ou sa famille en danger, il aime se servir de ses gadgets... Néanmoins, il peut arriver que les inventions se retournent contre leur créateur.

La série se déroule dans la ville fictive de Busytown et met en vedette principalement Huckle Cat, Lowly Worm et beaucoup d'autres habitants de Busytown. Chaque «humain» de la série est un animal anthropomorphe, le plus souvent des cochons, des renards, des races de chiens, des souris, des lapins, des chèvres et des chats. Chaque épisode comporte toujours un conflit (qui est finalement résolu à la fin). Cependant, des épisodes mettant en scène d'autres animaux anthropomorphes, comme Couscous capturant Pépé le Gangstaire et ses rats sales, Sam et Dudley, Sneef, Concombres et Cornichons, etc. ont eu lieu à l'extérieur de Busytown dans d'autres endroits du monde.

Rejetés par la société, les mutants sont contraints de vivre dans la clandestinité. L'un d'entre eux, le professeur Charles Xavier, crée un institut pour mutants leur permettant ainsi de vivre une vie normale tout en développant leurs pouvoirs. L'idéal du Professeur Xavier se heurte à l'opposition farouche de la population et à des groupes extrémistes non dotés du facteur X, mais également à d'autres super mutants qui méprisent le dialogue et la condition humaine. Le combat pour la protection de l'humanité commence... Adaptation en série animée des célèbres comic's Books "X-men" de 1963 créé par Stan Lee et Jack Kirby